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L’ensemble des circonstances entourant l’émergence du SRAS-CoV-2

Par Alex Washburne, chercheur en écologie quantitative et épidémiologie avec un doctorat de Princeton qui a étudié la propagation des agents pathogènes des chauves-souris aux humains pendant des années avant la pandémie de COVID-19.

le 3 novembre 2022,

Nous avons des raisons probables de suspecter une origine de laboratoire.

La totalité de la preuve est plus que la somme de ses parties

Supposons que vous soyez un détective et que vous découvriez une lettre proposant de commettre un meurtre en utilisant une balle en argent dans une pièce très spécifique d’un bâtiment très spécifique. Vous allez dans cette pièce et trouvez un corps avec une balle en argent à l’intérieur. À côté du corps, il y a un pistolet avec des empreintes digitales sur le pistolet. Il n’est pas exagéré de déduire qu’un meurtre a eu lieu, et le principal suspect peut être celui qui a écrit la lettre. L’arme à feu n’a pas besoin d’être encore chaude pour que l’on ait un doute raisonnable sur le fait qu’un crime a été commis.

Nous disposons d’un ensemble similaire de preuves sur l’origine du SARS-CoV-2.

J’ai commencé avec un préjugé fortement zoonotique. J’ai étudié la propagation des agents pathogènes de la faune sauvage aux humains pendant des années avant la COVID, la propagation des agents pathogènes est courante, et donc pendant une grande partie de la pandémie, j’ai gardé l’esprit ouvert sur l’origine d’un laboratoire, mais je suis resté fermement ancré dans ma croyance antérieure d’une origine zoonotique. Cependant, en examinant l’ensemble des preuves, en particulier à mesure que de nouvelles preuves ont émergé, j’ai commencé à voir que l’ensemble des preuves soutenant une origine de laboratoire du SRASCoV-2 est accablant, beaucoup plus que la plupart ne le pensent. L’ensemble des preuves m’a complètement fait changer d’avis.

En discutant de ce sujet avec des amis très intelligents, j’ai pris conscience que la plupart des gens ne sont pas pleinement conscients de l’ensemble des circonstances ni de la force avec laquelle cet ensemble de preuves suggère que le SRAS-CoV-2 est né d’un laboratoire. Cet article couvrira les preuves qui m’ont fait changer d’avis. Je suis un biologiste quantitatif avec un don pour les probabilités, et il y a des méthodes déductives et des astuces probabilistes que j’utilise pour affiner mes propres estimations et affiner ma propre compréhension. J’ai pensé écrire un article formel sur ces astuces probabilistes (réseaux bayésiens, application pointue des probabilités conditionnelles au lieu de probabilités inconditionnelles, tout cela pour obtenir des facteurs bayésiens écrasants à l’appui d’une origine de laboratoire), mais j’ai réalisé que quiconque pourrait comprendre ce langage mathématique partagerait probablement déjà mes croyances, à condition de connaître la totalité des preuves disponibles. Cette preuve doit être popularisée parce qu’elle fournit la cause probable d’une origine de laboratoire d’un virus qui a tué 1 million d’Américains, et établir la
cause probable peut nous permettre d’obtenir les dernières preuves dont nous avons besoin pour bien comprendre ce qui s’est passé. Cette version vulgarisée de mon raisonnement bayésien est écrite comme si j’expliquais la preuve à un juge ou à un jury de thèse.

Dans les cycles d’information rapides de notre société et la durée d’attention de 240 caractères, nous limitons souvent notre attention à un seul élément de preuve à la fois. Nous discutons intensément de cette preuve scandaleuse du jour, nous arrivons à une opinion tranchée, puis nous passons à autre chose.
Ce faisant, nous agissons souvent trop rapidement, traitons chaque argument comme indépendant et, dans notre courte durée d’attention et nos croyances bien ancrées, nous ne parvenons pas à avoir une vue d’ensemble de la façon dont plusieurs éléments de preuve se combinent pour produire un ensemble de preuves plus fort que la somme des parties, un ensemble de preuves qui, dans leur totalité, devraient changer nos croyances.

La meilleure analogie à laquelle je puisse penser pour avoir une vue d’ensemble est de regarder la photomosaïque ci-dessous. Si vous regardez attentivement une photo, vous verrez des bâtiments, des personnes, des panneaux, des incendies et d’autres photos apparemment sans rapport. Toute photo dans une photomosaïque est relativement dénuée de sens par elle-même. Une théorie pourrait consister à regarder la photomosaïque et dire que toutes les photos sont indépendantes et aléatoires et jeter le doute sur le fait que ces photos soient connectées. Une autre théorie dira que nous devons examiner l’ensemble des preuves pour arriver à la conclusion correcte sur les photos et ce qu’elles signifient. Lorsque nous faisons un zoom arrière pour voir la situation dans son ensemble, il est clair que ces photos ont été assemblées de manière claire et cohérente pour donner l’image de Vladimir Poutine. La première théorie vous encourage à ne pas voir la ressemblance de Vladimir Poutine dans la figure ci-dessous, tandis que l’autre théorie en déduit que ces photos sont connectées, que la totalité des preuves est supérieure à la somme de ses parties.

À quelle théorie croyez-vous?

Une photomosaïque illustre pourquoi un ensemble de preuves peut être plus informatif que la simple somme de ses parties. L’ensemble des preuves sur les origines du SARS-CoV-2 est similaire.

Les données probantes

Voici les photos les plus importantes de notre photomosaïque des origines du SRAS-CoV-2, les éléments de preuve les plus importants qui, à mon avis, doivent être considérés ensemble, car les liens entre ces éléments de preuve sont des éléments de preuve en soi.

▪ La subvention DEFUSE
▪ Le SARS-CoV-2 est apparu à Wuhan
▪ Le SARS-CoV-2 a un site de clivage de la furine dans sa protéine Spike
▪ Le SARS-CoV-2 a la carte de restriction d’un clone infectieux

Des preuves supplémentaires existent et nous pouvons discuter pendant des jours de chaque petit détail, un peu comme quelqu’un pourrait pointer une photo d’un incendie dans l’image de Poutine ci-dessus et dire « Poutine n’a pas de feu sur la joue, donc c’est complotiste de voir la photomosaïque comme Poutine ». Je me concentre sur les quatre principaux éléments de preuve énumérés ci-dessus parce qu’ils sont les éléments de preuve les plus importants dont le corps est supérieur à la somme des parties. En discutant avec mes amis et ma famille au cours des deux dernières semaines, j’ai réalisé que ces quatre éléments de preuve, leurs implications et leurs liens les uns avec les autres, ne sont pas communément connus. Le magistrat et les membres du jury doivent se familiariser avec ces quatre éléments de preuve et l’histoire que l’on déduit de leur totalité.

D’autres éléments de preuve doivent être examinés immédiatement avant que nous ne procédions. Les théories de l’origine zoonotique du SRAS-CoV-2 indiquent l’existence de deux grandes lignées à la base de l’arbre évolutif du SRAS-CoV-2 et considèrent ces lignées comme la preuve de deux événements de débordement. Cependant, il existe de nombreuses façons de générer de grandes lignées dans un arbre évolutif, et les deux grandes lignées à la base de l’arbre SARS-CoV-2 sont beaucoup plus probablement des preuves de recherche des contacts et de deux événements dits de « super-propagation », comme un sur le marché humide et un ailleurs. Un autre élément de preuve couramment promu par les théoriciens de l’origine zoonotique est le groupe de certains cas précoces sur le marché humide de Huanan, ce qui les a amenés à conclure que le marché humide était l’épicentre de la pandémie de SRAS-CoV-2. Cependant, les cas du marché humide ne sont pas les premiers cas. Les cas antérieurs n’avaient pas de lien avec le marché humide, et les cas de marché humide ont été déterminés par contact + localisation qui biaise fortement notre détermination des cas pour produire un ensemble de cas dans les zones de Wuhan où les gens cherchaient des cas. Si je trouve du poisson dans un trou et que je pêche un peu plus dans ce trou et que j’attrape d’autres poissons, j’ai tort de conclure que tous les poissons proviennent de ce trou. Si je trouve des pièces de monnaie sous un lampadaire, cela ne veut pas dire qu’il n’y a pas de pièces ailleurs.

Les quatre éléments de preuve les plus importants qui m’ont fait passer d’une origine zoonotique à une origine de laboratoire sont les quatre énumérés ici : la subvention DEFUSE, l’émergence de Wuhan, le site de clivage de la furine et la carte de restriction du SRAS-CoV-2.

Voici pourquoi :

La subvention DEFUSE

Avant la pandémie de COVID-19, je travaillais avec une équipe financée par une subvention DARPA PREMPT. Nous étudiions les Henipavirus comme Nipah & Hendra dans le but d’empêcher la propagation d’agents pathogènes pour prévenir les pandémies. L’un des principaux objectifs de recherche dans ce domaine était de comprendre si certaines souches de virus étaient plus susceptibles d’émerger que d’autres, en étudiant les relations dites « génotype-phénotype ». Quels génotypes viraux ont le phénotype d’infectiosité humaine améliorée?

Les études génotype-phénotype à phénotype les moins risquées que l’on puisse mener consistent à trouver un virus sauvage, à séquencer son génome et à tester son phénotype en laboratoire (liaison au récepteur, entrée cellulaire, réplication, infectiosité, létalité, etc.). Cependant, il faut beaucoup d’efforts pour trouver des virus dans la nature et la diversité des virus capturés dans la nature est une goutte d’eau dans l’océan des possibilités évolutives. L’analyse des génotypes de virus de type sauvage nous donne une image très limitée de l’espace des virus possibles et des génotypes qui pourraient être les plus à risque de provoquer une pandémie. Par conséquent, la tentation est évidente de fabriquer de nouveaux virus, tels que des virus chimériques ou des virus transmis dans des cellules humaines. Si nous rendions un virus plus capable d’infecter les gens, cela pourrait révéler l’essence des virus infectieux pour l’homme et nous aider à préparer des vaccins avant qu’une pandémie ne se produise. C’est le chant des sirènes de la grandeur, de sauver des vies en anticipant les pandémies, qui peut inciter les virologues à ouvrir la boîte de Pandore. Concevez et développez un nouveau virus capable de faire face à une pandémie pour créer un vaccin contre le virus avant qu’il ne provoque une pandémie, et vous pourriez gagner un prix Nobel… à condition que rien ne se passe mal.

Fin mars 2018, EcoHealth Alliance, l’Institut de virologie de Wuhan (WIV) et d’autres collaborateurs ont soumis la proposition DEFUSE au programme PREEMPT de la DARPA. Dans leur proposition DEFUSE, cette collaboration internationale proposait d’échantillonner des coronavirus de chauves-souris, d’assembler des virus en laboratoire avec la technologie de clone infectieux, de développer des protéines de pointe chimériques recombinantes, dont certaines avec un site de clivage de la furine, et de tester l’infectiosité de ces virus chimériques chez les chauves-souris à l’Institut de virologie de Wuhan.
Trouver, concevoir et faire évoluer des virus infectieux humains capables de provoquer une pandémie, développer un vaccin contre eux et prévenir une pandémie… à condition que rien ne se passe mal.

Pour étudier les relations génotype-phénotype chez les coronavirus, EcoHealth a proposé de fabriquer de nouveaux coronavirus chimériques au WIV. Ils ont proposé d’échanger des protéines Spike en utilisant des clones infectieux de virus apparentés et d’insérer des sites de clivage de la furine.

“… nous introduirons des sites de clivage spécifiques à l’homme appropriés et évaluerons le potentiel de croissance des cultures cellulaires Vero et AOH (Human Airway Epithelial).

La recherche proposée aurait lieu à l’Institut de virologie de Wuhan.

La proposition de DEFUSE n’a pas été acceptée car la DARPA a vu des risques majeurs que les virus recombinants proposés puissent acquérir des fonctions telles que l’infectiosité accrue ou la létalité chez l’homme. Cependant, la subvention révèle le désir clair de ce groupe de mener de telles recherches et
l’intention de fabriquer un ensemble très inhabituel de coronavirus du SRAS que l’on ne trouve pas dans la nature. Bien que leurs intentions n’aient pas été financées par la DARPA, la recherche proposée est relativement peu coûteuse et EcoHealth et l’Institut de virologie de Wuhan ont reçu des fonds d’autres sources qui pourraient financer leurs travaux proposés. Leurs sources alternatives de financement comprennent une subvention de bio-défense du NIAID proposant des chimères à gène S extrêmement similaires fabriquées avec des clones infectieux. En fait, la subvention du NIAID a été citée comme source de financement dans la construction d’un nouveau clone infectieux à l’Institut de virologie de Wuhan, rWIV1. La subvention DEFUSE proposait de fabriquer des clones infectieux avec des gènes Spike chimériques, des coronavirus du SRAS avec des sites de clivage de la furine, le tout à l’Institut de virologie de Wuhan.

Les motifs et les intentions de créer un tel virus ne sont pas morts avec le rejet de DEFUSE. Bien qu’elles ne soient pas financées par la DARPA, des propositions de recherche similaires ont été financées par le NIAID et d’autres avant et pendant l’émergence du SRAS-CoV-2, et peuvent facilement avoir fourni suffisamment de financement discrétionnaire pour soutenir la recherche peu coûteuse proposée dans DEFUSE. La subvention DEFUSE est la lettre proposant le crime: attraper des coronavirus de chauves-souris sauvages, les envoyer à Wuhan, assembler des clones infectieux in vitro avec une méthode spécifique, échanger des gènes Spike et ajouter des sites de clivage de la furine, le tout pour trouver un coronavirus extrêmement infectieux contre lequel nous pourrions produire des vaccins.

Wuhan

Le SARS-CoV-2 est apparu à Wuhan fin 2019.

Wuhan n’est pas l’endroit où les chercheurs qui étudient la propagation des agents pathogènes s’attendraient à ce que les coronavirus émergent. Une étude récente menée par EcoHealth Alliance et des membres de l’Institut de virologie de Wuhan a estimé le risque de propagation du coronavirus du SRAS en utilisant des données sur les réservoirs de coronavirus de la faune, où vivent ces réservoirs, où vivent les humains et où les gens ont des preuves d’exposition au coronavirus du SRAS dans leur sang. Ils obtiennent la carte suivante de (a) la richesse en espèces des chauves-souris et (b) l’intensité relative du chevauchement chauve-souris-humain en Asie du Sud-Est.

a) la richesse du réservoir de chauves-souris infectées par le coronavirus du SRAS et b) le chevauchement entre chauves-souris et humains. Source : https://www.nature.com/articles/s41467-022-31860-w/figures/2

Vous trouverez ci-dessous la carte du chevauchement chauve-souris-humain, avec Wuhan indiqué.

L’aire de répartition estimée des coronavirus du SRAS chez les chauves-souris s’étend de l’Asie du Sud-Est, de l’Inde à l’Indonésie, avec des points chauds de chevauchement chauve-souris-humain estimés au Laos, au Vietnam et dans la province du Yunnan, en Chine. La distance de Wuhan au point du chevauchement chauve-souris-humain dans le Yunnan est d’environ 1600 km, soit environ la distance de New York à Miami. Bien qu’une attaque d’alligator puisse se produire à New York, je m’attends à ce qu’elle ait lieu plus probablement en Floride.

L’écologie des animaux et la répartition des humains signifient que les interactions entre les humains et les animaux ont des modèles géographiques très réguliers, ce qui conduit à des attentes très claires quant à l’endroit où de telles interactions sont susceptibles de se produire. De même, ils nous aident à identifier des événements très inhabituels. Si une personne était attaquée par un hippopotame en Afrique, je pourrais m’attendre à ce que l’hippopotame soit sauvage, alors que si une personne était attaquée par un hippopotame à New York, je pourrais m’attendre à ce que l’hippopotame soit dans un zoo. La même logique s’applique aux interactions entre les humains et les chauves-souris qui causent des retombées de sarbecovirus.

Bien que le nombre réel de manifestations de propagation du coronavirus du SRAS fasse l’objet d’un débat, la carte ci-dessus montre une bonne estimation de l’endroit où les coronavirus sont susceptibles de se propager des chauves-souris aux humains. Wuhan est un minuscule point sur une grande carte des possibilités pour la voie de débordement naturelle. Si je devais tirer au sort un événement de propagation aléatoire du coronavirus du SRAS, il y a une probabilité quasi nulle qu’il se produise à Wuhan.

Comme Wuhan est un endroit si improbable pour le chevauchement chauve-souris-humain, l’hypothèse d’origine zoonotique repose entièrement sur le marché humide de Huanan et le commerce plus large des animaux comme source d’animaux à partir desquels la zoonose s’est produite. En effet, le commerce des animaux serait responsable de l’épidémie de SRAS de 2002. Un groupe de cas de COVID-19 datant de la fin décembre 2019 était centré autour du marché humide de Huanan, mais des cas antérieurs remontant à la mi-novembre 2019 ont été signalés sans lien avec le marché humide et, contrairement à tous les cas naturels de SRAS ou de MERS, le réservoir n’a pas été retrouvé. En outre, l’ancêtre commun le plus récent des souches de SARS-CoV-2 circulant à Wuhan remonte à octobre-novembre 2019, ce qui suggère que le groupe de cas autour du marché humide à la fin de décembre 2019 était peu susceptible de représenter les premiers cas et plus probablement causé par un événement de « superpropagation » interhumaine.

Pour être clair, le commerce des animaux peut provoquer des épidémies. Cependant, les épidémies de commerce d’animaux sont très différentes de l’émergence du SRAS-CoV-2. Le SARS-CoV-1 est plus largement considéré (par moi-même aussi) comme provenant d’une civette. L’épidémie de commerce d’animaux du SRAS-CoV-1 a laissé une traînée de cas dans la province du Guangdong illustrée dans la figure ci-dessous de ce document. Alors que le commerce d’animaux et le marché humide de Huanan sont proposés comme les origines proximales du SRAS-CoV-2 selon la théorie zoonotique, les premiers cas peuvent ne pas avoir été associés au marché humide et le SRAS-CoV-2 manque d’une empreinte géographique plus large caractéristique de notre expérience antérieure avec les épidémies de SRAS-CoV causées par les réseaux de commerce d’animaux.

Le SRAS-CoV-1 est né du commerce des animaux et a laissé une traînée de cas dans la province du Guangdong. Il n’existe pas de cas de commerce d’animaux pour le SRAS-CoV-2.

Pour résumer, Wuhan n’est pas un point chaud du chevauchement chauve-souris-humain et il n’y a pas de signes d’une épidémie plus large dans les réseaux de commerce d’animaux. Dans l’ensemble, ces preuves géographiques font de Wuhan un site hautement improbable pour une zoonose du coronavirus du SRAS.

Wuhan est, cependant, un point chaud mondial de la recherche sur les coronavirus et le principal chercheur sur les coronavirus au WIV, Shi Zheng-Li, était un chercheur principal sur la proposition DEFUSE. Après l’épidémie de SRAS-CoV-1 en 2002, il y a eu 6 autres épidémies de SRAS documentées – deux d’entre elles à Pékin, et toutes causées par des accidents de laboratoire. Les accidents de laboratoire sont beaucoup plus fréquents que de nombreux membres du public ne le pensent. Même en l’absence de la proposition DEFUSE, l’émergence du SARS-CoV-2 à Wuhan avec un schéma géographique incompatible avec l’émergence du commerce animal devrait faire pencher la balance vers une origine de laboratoire. Avec la proposition DEFUSE et une théorie de l’origine en laboratoire, nous pourrions en outre émettre l’hypothèse que le virus émergeant à Wuhan présente des caractéristiques génomiques inhabituelles caractéristiques d’une origine de laboratoire.

La recherche sur les coronavirus à l’Institut de virologie de Wuhan comprenait la fabrication de coronavirus recombinants comme rWIV1, l’échange de gènes de pointe pour évaluer l’infectiosité humaine de nouveaux coronavirus de chauves-souris importés du Laos, du Vietnam et de la province du Yunnan. Les principaux chercheurs sur les coronavirus de l’Institut de virologie de Wuhan ont proposé d’insérer un site de clivage de la furine dans un coronavirus du SRAS. Selon une théorie de l’origine en laboratoire, nous pourrions donc nous attendre à ce que le SRAS-CoV-2 apparaisse comme un coronavirus chimérique avec un gène de pointe inhabituel, et peut-être même un site de clivage de la furine comme proposé dans DEFUSE.

Le site de clivage de la furine

Le SRAS-CoV-2 a un site de clivage de la furine (FCS), et c’est le seul coronavirus du SRAS qui en possède un. Les sites de clivage de la furine ne sont pas courants. Avant le SARS-CoV-2, nous avions découvert autant de sites de clivage de la furine dans les coronavirus du SRAS que de primates ailés ou de manchots volants : zéro. D’autres mammifères ont des ailes (chauves-souris) et d’autres oiseaux volent, mais pas les lignées qui nous intéressent. De même, malgré un échantillonnage important de la faune, les coronavirus du SRAS n’étaient pas connus pour avoir des sites de clivage de la furine. Le FCS exact du SARS-CoV-2 ne se trouve dans aucun autre coronavirus et contient en fait des séquences d’ARN spécifiques – CGG CGG – qui sont presque inexistantes chez les chauves-souris mais optimisées pour l’homme. Non seulement les FCS sont inexistants dans les autres coronavirus du SRAS, mais ce FCS spécifique est particulièrement anormal dans son optimisation pour les humains. D’un point de vue évolutif, le FCS est une anomalie massive dans la nature, mais c’est exactement ce qui a été proposé dans la subvention DEFUSE.

Rappelons le libellé de la subvention DEFUSE :

« … nous introduirons des sites de clivage spécifiques à l’homme appropriés et évaluerons le potentiel de croissance des cultures cellulaires Vero et AOH (Human Airway Epithelial).

L’anomalie évolutive du FCS doit être comprise par le lecteur profane, alors je vais la répéter ici. Le FCS du SARSCoV-2 est le premier FCS parmi tout les coronavirus du SRAS. C’est un site de clivage exceptionnellement spécifique à l’homme pour ce qui est autrement une lignée de coronavirus de chauve-souris. Le SARS-CoV-2 FCS n’a pas un, mais deux codons CGG appropriés pour les humains et il imite une protéine particulière (ENaC) trouvée chez l’homme.

Nous avons échantillonné de nombreux coronavirus du SRAS au cours des dernières décennies. Pas un seul coronavirus du SRAS n’avait de FCS. L’ensemble de l’arbre évolutif des coronavirus du SRAS couvre des centaines à des milliers d’années d’évolution virale, l’équivalent de millions d’années de temps évolutif chez l’homme, et dans toute cette évolution naturelle, il n’y avait pas un seul FCS avant le SRAS-CoV-2. La branche séparant le SARS-CoV-2 de son plus proche parent couvre une brève ~19 années d’évolution, soit environ 0,6% de l’arbre évolutif du coronavirus du SRAS. Des centaines à des milliers d’années d’évolution n’ont pas réussi à produire un FCS jusqu’à ce que soudainement, moins de 2 ans après la subvention DEFUSE ait été proposée, un site de clivage de la furine spécifique à l’homme avec des codons optimisés pour l’homme est apparu dans un coronavirus du SRAS à Wuhan, exactement comme proposé dans DEFUSE.

Dans le contexte de la subvention DEFUSE et d’une émergence à Wuhan sans l’empreinte géographique d’une épidémie de commerce animal, le FCS spécifique à l’homme du SRAS-CoV-2 n’est pas un élément de preuve indépendant avec une probabilité non quantifiable de se produire dans la nature. Appeler le tout premier FCS dans un sarbecovirus un élément de preuve indépendant serait comme appeler une balle d’argent indépendante à la fois de l’arme et de la lettre proposant d’utiliser une balle en argent dans cette arme exacte. Selon une théorie de l’origine zoonotique, le FCS est un événement étonnamment peu probable, indépendant de l’origine de Wuhan et indépendant de la subvention DEFUSE. Selon la théorie de l’origine de laboratoire la plus convaincante, ces éléments de preuve dépendent tous du fait qu’ils sont si clairement liés à un programme de recherche bien défini.

Y a-t-il d’autres éléments de preuve qui peuvent corroborer la théorie de l’origine en laboratoire ?

Jusqu’à récemment, tout ce que nous avions était la subvention DEFUSE, l’origine de Wuhan, le FCS hautement suspect et le comportement inhabituel des chercheurs en question et de ceux qui les ont financés. Il semblait que la question des origines du SRAS-CoV-2 était dans une impasse.

Ensuite, nous avons examiné de près les méthodes d’assemblage viral proposées par la subvention DEFUSE.

Carte des restrictions BsaI/BsmBI

La subvention DEFUSE a proposé de fabriquer des coronavirus chimériques avec des sites de clivage de la furine dans leur protéine Spike. Le moyen le plus simple d’insérer un site de clivage de la furine et de fabriquer des coronavirus chimériques consisterait à assembler un clone d’ADN. Il existe un moyen extrêmement courant d’assembler un clone d’ADN pour un coronavirus, une méthode qui a été spécifiquement citée dans DEFUSE et d’autres subventions de ce groupe de collaborateurs proposant de fabriquer des coronavirus chimériques à Wuhan.

La méthode spécifique d’assemblage a été publiée par nul autre que l’un des collaborateurs de la subvention DEFUSE dans son article fondateur: « Efficient Reverse Genetic Systems for Rapid Genetic Manipulation of Emergent and Preemergent Infectious Coronaviruses ». La méthode consiste à examiner le génome viral, à le modifier légèrement avec des mutations silencieuses pour ajouter/supprimer des sites spéciaux de copier/coller (« sites de restriction de type II »), puis à utiliser les enzymes de couper/coller correspondantes (« enzymes de restriction ») pour assembler le clone d’ADN complet.

Valentin Bruttel, Tony VanDongen et moi-même avons examiné tous les clones infectieux de coronavirus fabriqués de 2000 à 2019 par assemblage directionnel de type II. Nous avons constaté que 8 clones infectieux sur 10, y compris le clone infectieux unique du CoV fabriqué à l’Institut de virologie de Wuhan, utilisaient la méthode d’assemblage directionnel spécifique de type II citée dans la subvention DEFUSE. Nous avons découvert une empreinte digitale de cette méthode particulière d’assemblage viral in vitro: en raison de contraintes de bio-ingénierie, les sites de couper/coller choisis par les chercheurs finissent par être exceptionnellement régulièrement espacés par rapport à l’espacement aléatoire des sites de couper/coller dans les virus non modifiés.

Le SARS-CoV-2 a cette empreinte digitale exacte. Dans notre prépublication, nous avons examiné un large éventail d’autres coronavirus et le SARS-CoV-2 a la carte de restriction de type II de type II de type clone infectieux la plus extrême de tous les coronavirus naturels que nous avons analysés. Le FCS du SARS-CoV-2 est anormal parmi les sarbecovirus, et la carte de restriction de type II du SARS-CoV-2 est la carte de restriction de type II la plus extrême de tous les coronavirus que nous avons analysés.

(A) Les cartes de restriction BsaI/BsmBI des CoV, avec l’espacement inhabituel des sites BsaI/BsmBi du SARS-CoV-2 en pointillés verticaux.
(B) Dans le nombre de fragments et la longueur du fragment le plus long, le SARS-CoV-2 se situe juste dans la plage du système génétique inverse efficace proposé.
(C) La carte BsaI/BsmBI du SRAS-CoV-2 est une anomalie parmi les coronavirus naturels et un point médian des coronavirus modifiés.

S’il y a bien un coronavirus conçu en laboratoire mais non déclaré comme tel, ce serait le SARS-CoV-2. Nous avons estimé bien moins de 0,07% de chances d’observer un tel système génétique inverse parfait dans un coronavirus sauvage, et nous avons en outre montré que les mutations spécifiques générant cette carte de restriction inhabituelle semblent être exactement les types de mutations que les bio-ingénieurs utiliseraient. Toutes les mutations modifiant cette carte de restriction sont les mutations « silencieuses » utilisées par les bioingénieurs, et il y a une concentration significativement plus élevée de mutations silencieuses dans ces sites de restriction que dans le reste du génome viral. Partout où nous l’avons vu, le SRAS-CoV-2 ressemblait à un clone infectieux issu d’un système génétique inverse assemblé exactement comme proposé dans la subvention DEFUSE.

Selon la théorie de l’origine zoonotique, la carte de restriction du SRAS-CoV-2 et les mutations exactes que les bioingénieurs utilisent pour le fabriquer est une autre coïncidence indépendante ajoutée à notre liste maintenant très longue de coïncidences extrêmement improbables. Selon nos estimations, cette coïncidence a bien moins de 0,07% de chances de se produire dans la nature. Les partisans de l’origine zoonotique émettent l’hypothèse que la carte de restriction du SRAS-CoV-2 peut avoir été causée par une recombinaison et nous ne pouvons pas rejeter leur hypothèse avec les données existantes. Cependant, comme avec le FCS, leur théorie nécessite une combinaison de plus en plus improbable d’événements évolutifs en si peu de temps. Avec la carte de restriction, ils disent maintenant que 3 à 5 événements de recombinaison supplémentaires ont dû se produire dans la petite branche du temps évolutif depuis que le SARS-CoV-2 a dévié de l’ancêtre commun de son plus proche parent. Ces événements de recombinaison ont produit le tout premier FCS dans un sarbecovirus, ils ont produit la carte de restriction la plus artificielle de tous les coronavirus, et cet ensemble hautement improbable d’événements évolutifs s’est produit dans un coronavirus qui a émergé à Wuhan loin de la zone de concentration de la diversité des coronavirus et sans trace géographique d’infections par le commerce des animaux.

Selon la théorie de l’origine du laboratoire, la carte des restrictions était exactement ce que nous attendions d’un coronavirus fabriqué dans le cadre de la subvention DEFUSE. La méthode sous-jacente pour fabriquer un clone infectieux a été pratiquée par très peu de laboratoires dans le monde, et 2 des peut-être 4 ou 5 laboratoires dans le monde utilisant cette méthode étaient sur la subvention DEFUSE. Cette méthode a été utilisée par le WIV pour fabriquer un coronavirus de chauve-souris recombinant en 2016 et c’est la méthode proposée pour fabriquer des virus chimériques à la fois dans la subvention DEFUSE et dans la subvention financée par le NIAID. La carte de restriction que nous avons trouvée rendrait très facile l’insertion d’un FCS.

L’ensemble des circonstances

La subvention DEFUSE proposait de fabriquer des coronavirus chimériques de chauves-souris avec des protéines de pointe recombinantes et un site de clivage de la furine, le tout en utilisant une méthode particulière pour assembler des clones infectieux.

Le SRAS-CoV-2 est apparu deux ans plus tard à Wuhan, apparaissant comme un coronavirus chimérique de chauve-souris avec une protéine de pointe recombinante et un site de clivage de la furine, et comme la preuve la plus frappante de cette méthode exacte et particulière pour fabriquer des clones infectieux trouvés dans n’importe quel coronavirus. Selon la théorie de l’origine zoonotique, toutes ces anomalies sont des coïncidences.

En général, les paradigmes scientifiques changent en raison d’un nombre d’anomalies de plus en plus important. Les anomalies expliquées comme des coïncidences ou expliquées par des explications de plus en plus artificielles avec l’ancienne théorie ont toutes un sens parcimonieux parfait sous la nouvelle théorie.

On pouvait trouver un corps sur le sol avec une balle en argent et un pistolet et une lettre pour utiliser le pistolet et la balle en argent précisément dans cette pièce, et on pourrait dire « hein, quel tas de coïncidences indépendantes ». La lettre n’a pas été financée, donc les intentions n’ont pas continué. L’arme ne fume pas. Les balles d’argent peuvent être exceptionnellement rares, mais tout est possible avec l’évolution. L’empreinte digitale est peut-être l’empreinte digitale la plus importante de l’histoire des empreintes digitales, mais des taches d’encre et d’huile peuvent également donner lieu à ce motif par hasard.

Nous serions de piètres enquêteurs de négliger les liens probables entre les preuves sur les lieux. Il est très raisonnable – et, en fait, c’est un excellent travail d’enquête – de déduire une théorie claire et parcimonieuse qui explique l’ensemble des preuves sans s’appuyer sur une pile de coïncidences improbables. Les accidents de laboratoire sont tragiquement courants, tout comme les meurtres, et donc le détective sage envisagerait sérieusement cette théorie dès le début.

Alors que la théorie de l’origine zoonotique repose sur l’explication des preuves les plus importantes comme une série d’anomalies, la théorie alternative est que le SARS-CoV-2 a été conçu en laboratoire. La théorie de l’origine de laboratoire la plus probable est que le SARS-CoV-2 a été créé exactement comme indiqué dans la subvention DEFUSE et s’est échappé d’un laboratoire de Wuhan, très probablement l’Institut de virologie de Wuhan et était très probablement un accident. J’en déduis qu’il s’agit très probablement d’un accident parce que quelqu’un désireux de commettre un acte de bioterrorisme qui avait la sophistication de modifier génétiquement les CoV s’efforcerait également de couvrir leurs traces en utilisant des méthodes alternatives d’assemblage qui ne laissent pas d’empreintes évidentes dans les cartes de restriction des clones infectieux. De plus, la carte de restriction que nous observons sur le SRAS-CoV-2 semble très utile d’assembler des coronavirus de chauves-souris chimériques dans la lignée autour du SRAS-CoV-2, et c’était un objectif de recherche commun et relativement innocent avant la COVID.

Cette théorie particulière de l’origine en laboratoire repose sur les intentions de recherche énoncées dans la subvention DEFUSE. À partir de ce point de départ, il n’est pas nécessaire d’expliquer les caractéristiques les plus remarquables du SRAS-CoV-2 avec des anomalies, mais on peut plutôt les prédire avec raison. On peut facilement expliquer pourquoi le SRAS-CoV-2 est apparu à Wuhan sans épidémie plus large de commerce d’animaux. On peut expliquer pourquoi le SARS-CoV-2 a un FCS spécifique à l’homme, avec des codons optimisés pour l’homme, et une carte de restriction qui est de nature anormale mais cohérente avec les clones infectieux produits par les collaborateurs de la subvention DEFUSE, citée spécifiquement dans les subventions DEFUSE et NIH. C’est ce processus déductif simple avec l’ensemble des preuves qui m’a amené à changer d’avis, passant d’une croyance écrasante en une origine zoonotique du SRAS-CoV-2 à une croyance écrasante en une origine liée à la recherche.

Avec cette théorie à l’esprit, beaucoup de preuves circonstancielles supplémentaires commencent à avoir un sens. Tout d’abord, un rapport des services de renseignement américains affirme que plusieurs membres de
l’Institut de virologie de Wuhan étaient malades en novembre 2019 – bien que nous ne connaissions pas la base ou la fiabilité de ces renseignements, novembre 2019 est exactement le moment où le SARS-CoV-2 est censé avoir émergé. Deuxièmement, le WIV et EcoHealth ont refusé de partager non seulement leurs bases de données sur les coronavirus qui les exonéreraient si une origine naturelle était vraie, mais le président d’EcoHealth et l’un de leurs principaux bailleurs de fonds ont organisé une lettre à The Lancet qualifiant les hypothèses d’origine des laboratoires de « théories du complot ». Les NIH et le NIAID, qui ont utilisé des fonds américains de bio-défense pour soutenir la recherche de type DEFUSE sur l’éco-santé, ont également fait preuve d’un manque remarquable de transparence, caviardant les communications dans lesquelles les gestionnaires ont délibéré sur les origines précoces du SRAS-CoV-2 et, apparemment, Fauci + Collins mènent un effort pour prétendre qu’une origine de laboratoire est peu plausible dans l’article Proximal Origin.

Selon la théorie de l’origine zoonotique, cette transparence inhabituellement faible, le défaut de divulguer les conflits d’intérêts et les preuves circonstancielles supplémentaires s’ajoutent à la pile imposante de coïncidences. Selon la théorie de l’origine en laboratoire, le comportement des chercheurs et des bailleurs de fonds qui les ont financés peut être considéré soit comme une conscience de culpabilité, soit même simplement comme la peur d’une culpabilité possible sans connaissance explicite. Quelqu’un pourrait tirer une balle d’argent en l’air et entendre aux nouvelles qu’une balle d’argent est tombée du ciel et a tué quelqu’un – cela seul pourrait déclencher des efforts pour éviter les enquêtes et couvrir les pistes. Ils n’auraient pas besoin de savoir avec certitude que c’était leur balle pour craindre une responsabilité potentielle.

L’ensemble des circonstances entourant l’émergence du SARS-CoV-2 devrait donner aux autorités une raison probable d’obtenir des informations supplémentaires. Bien qu’un accident de laboratoire ne soit pas malveillant, les accidents qui entraînent la perte de vies humaines peuvent tout de même être considérés comme un homicide involontaire coupable. L’homicide involontaire coupable est un crime. Il y a des raisons probables de soupçonner qu’un crime a pu se produire dans un accident de laboratoire menant à l’émergence du SRAS-CoV-2, un accident qui a tué 1 million d’Américains et plus de 18 millions de personnes dans le monde dans le monde pendant la pandémie de COVID-19. Il existe des blessures supplémentaires dans les symptômes persistants du « COVID long » et les préjudices politiques, économiques, éducatifs et autres résultant de la pandémie.

Le critère de « l’ensemble des circonstances » pour établir la cause probable est un développement juridique plus récent qui, selon les critiques, assouplit les exigences de cause probable. Cependant, les preuves suggérant une origine de laboratoire du SARS-CoV-2 répondent même aux critères des règles plus anciennes et plus strictes comme le test Aguilar-Spinelli pour cause probable qui existent encore dans certains États comme New York. Les informations présentées ici sont fiables. La subvention DEFUSE est publique. L’émergence de Wuhan est claire. Il n’y a pas de contestation sur le génome original du SARS-CoV-2 contenant le FCS, seulement que cela s’est peut-être produit par hasard. Il n’est pas contesté que la carte de restriction du SRAS-CoV-2 est caractéristique d’un clone infectieux, seulement que cela s’est peut-être aussi produit par hasard. Les raisons pour soutenir la conclusion d’une origine de laboratoire à partir de cette information sont exposées ici par une source crédible – je suis un chercheur en écologie quantitative et épidémiologie avec un doctorat de Princeton qui a étudié la propagation des agents pathogènes des chauves-souris aux humains pendant des années avant la pandémie de COVID-19. Les circonstances sous-jacentes sont également évidentes et faciles à corroborer – l’alliance EcoHealth a proposé d’insérer un FCS dans un clone infectieux, ils collectaient des coronavirus et les envoyaient à l’Institut de virologie de Wuhan, ils ont collaboré à la production de coronavirus chimériques de chauve-souris avant COVID et à la poursuite des collaborations post-COVID. Les chercheurs en question – et peut-être même certains des chefs d’agence qui les ont financés ont entravé la recherche scientifique sur leurs recherches en affirmant qu’une origine zoonotique était incontestable, qualifiant les hypothèses d’origine des laboratoires de « théories du complot » et refusant de divulguer leurs bases de données au monde. Même la subvention DEFUSE n’a pas été débloquée par EcoHealth, mais plutôt à la suite de son acquisition par une équipe de chercheurs indépendants. Même en vertu des exigences légales les plus strictes dans quelques États américains, la preuve d’une origine laboratoire du SARS-CoV-2 répond aux normes de cause probable.

Déductions scientifiques et ensemble des preuves

Lorsque nous isolons chaque élément de preuve par lui-même, il n’y a rien à déduire parce que, par définition, la déduction implique de relier les faits à une théorie plus large. La lettre, la pièce, le pistolet, l’empreinte digitale et la balle sont toutes des coïncidences indépendantes dans l’esprit de quelqu’un qui n’a pas de capacités de déduction ou qui craint les résultats évidents de la déduction. Cependant, un enquêteur qualifié trouve qui est le meurtrier, non pas en étant témoin du meurtre en lui-même ou en voyant un pistolet encore chaud dans les mains d’un meurtrier, mais bien souvent par une empreinte digitale, une balle, un pistolet froid et une lettre liée à la scène d’un crime. La subvention DEFUSE est la lettre, les portes fermées et les lèvres scellées de l’Institut de virologie de Wuhan sont un pistolet froid devenu silencieux, le FCS est la solution miracle proposée dans la lettre, et la carte de restriction nous avons trouvé récemment l’empreinte digitale d’un très petit groupe de bioingénieurs dans le monde.

Oui, tout cela peut n’être que des coïncidences bizarres. Une enquête plus approfondie peut ne trouver aucune preuve supplémentaire pour prouver l’origine d’un laboratoire au-delà de tout doute raisonnable. Une enquête plus approfondie peut même trouver des données qui rejettent la théorie de l’origine de laboratoire décrite ici. Cependant, nous ne résolvons pas les mystères en traitant chaque élément de preuve comme une coïncidence indépendante, et nous ne faisons pas progresser la science en atomisant en série chaque fait anormal qui entre en conflit avec notre théorie chérie de l’innocence virologique.

En tant que scientifique, je ne peux pas vous dire à quel point je veux que les scientifiques n’aient pas ouvert la boîte de Pandore. Il a fallu énormément d’auto-examen et d’autocritique pour remettre en question ma propre croyance chérie dans la théorie d’une origine zoonotique. Alors que les gens disent que toutes les preuves sur l’origine du laboratoire sont faibles et que chaque déclaration n’est que le reflet de nos croyances antérieures, je suis fortement en désaccord. L’ensemble des preuves et le processus de déduction décrit ici m’ont convaincu de changer d’avis. En tant que statisticien sur l’article étoffant l’un de ces éléments de preuve, j’ai même conçu notre analyse de la carte de restriction BsaI / BsmBI dans l’espoir qu’elle rejetterait l’hypothèse d’origine synthétique et apaiserait mon âme de scientifique passionné, seulement pour constater que l’hypothèse a résisté à une série de tests solides et est passée d’une hypothèse au niveau de la théorie scientifique.

Maintenant, le monde est le jury. Je vous laisse tous ces déductions dans l’espoir qu’elles puissent fournir aux enquêteurs des motifs probables d’obtenir des informations qui nous aident à comprendre la cause de plus de 18 millions de décès et les troubles politiques et économiques historiques qui ont résulté de la pandémie. J’encourage l’acquisition de plus d’informations, que ces informations corroborent ou infirment la théorie présentée ici. J’espère que ces déductions inspireront un plus grand niveau de rigueur scientifique dans notre système d’information et encourageront d’autres détectives à examiner de plus près les preuves et les théories existantes, à construire leurs propres hypothèses, à se procurer de nouvelles données, à tester leurs théories les plus chères et à partager leurs résultats avec le monde.

L’ensemble des circonstances entourant l’émergence du SARS-CoV-2 donne une cause probable pour une origine de laboratoire.

Affaire classée.

Lien vers l’article original : The Totality of the Circumstances surrounding SARS-CoV-2 emergence
The Totality of the Circumstances surrounding SARS-CoV-2 emergence (substack.com)

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